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Die Region Südmähren mit ihrer Hauptstadt Brno ist neben Prag das zweitgrößte Zentrum für Forschung und Wissenschaft in der Tschechischen Republik. Im Jahr 2008 waren mehr als 2% aller Beschäftigten in der Region in Forschung und Entwicklung tätig. Südmähren war die erste Region der Tschechischen Republik, in der die Innovationsförderung systematisch vorangetrieben wurde und die erste Region, die zur Entwicklung der für Innovation nötigen Infrastruktur eine regionale Innovationsstrategie (RIS) formulierte.
Derzeit gibt es fünf öffentliche und eine staatliche Universität mit insgesamt 29 Fakultäten und mehr als 60.000 immatrikulierten Vollzeitstudierenden. Weitere ca. 5.000 Personen sind Teilzeitstudierende und Doktoranden. Neben der Masaryk-Universität in Brno bilden insbesondere die Technische Universität Brno und die Mendel-Universität für Land- und Forstwirtschaft das wissenschaftliche Rückgrat der Region, in der sich auch sieben private Universitäten finden. Mit Ausnahme der Theologie sind alle akademischen Fächer, die in der Tschechischen Republik gelehrt werden, im Großraum Brno vertreten.
Die Tschechische Akademie der Wissenschaften unterhält darüber hinaus 16 Forschungseinrichtungen mit naturwissenschaftlichem Schwerpunkt in Brno. Mehrere nichtöffentliche Einrichtungen im Bereich der angewandten Forschung tragen ihren Teil zur Stärkung der wissenschaftlichen Basis in traditionellen Industriebranchen wie Chemie, Maschinenbau, Elektrotechnik und Textilwirtschaft bei. Die meisten Spitzenunternehmen, z.B. Honeywell Controls, Siemens, Vodafone Tschechien oder IBM Global Services Delivery Center Tschechien, sind im Tschechischen Technologiepark angesiedelt. Dabei handelt es sich um ein gemeinsames Investitionsprojekt der Stadt Brno und des britischen multinationalen Konzerns P&O, das eng mit der polytechnischen Universität Brno zusammenarbeitet. Die langjährige Kooperation des Fakultätskrankenhauses St. Anna mit der Mayo Clinic in Rochester (Minnesota) führte zur Einrichtung des Internationalen Klinischen Forschungszentrums Brno.
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